Rayonnages blancs de préparatoire d'officine, alignés de pots et de flacons à couvercles

ADVY Santé · Pharmacies d'officine

Une offre d'ADVY PARTNERS, société d'expertise comptable inscrite à l'Ordre.

Expert-comptable pour pharmacie d'officine : une marge qui se lit taux par taux

L'officine est un commerce autant qu'un lieu de soins : vous achetez, stockez et revendez sous plusieurs taux de TVA, avec des remises encadrées et une équipe salariée. Son bénéfice d'exploitation relève des bénéfices industriels et commerciaux ou de l'impôt sur les sociétés, pas des BNC. Son rachat se finance par une dette longue, souvent portée par une SEL et une SPFPL. La comptabilité d'une pharmacie se lit donc en marge, en stock et en capacité de remboursement.

Échanger avec un expert-comptable07 43 64 85 47

Exemple pédagogique

Structure de marge d'une officine

Marge commerciale par taux de TVA, puis masse salariale rapportée à la marge. Montants hors taxes, illustratifs.

Marge sur ventes à 2,10 % — médicaments remboursables28,0 % de 1 400 000 € de ventes392 000 €
Marge sur ventes à 10 % — médicaments non remboursables35,0 % de 120 000 € de ventes42 000 €
Marge sur ventes à 5,5 % — produits à taux réduit30,0 % de 80 000 € de ventes24 000 €
Marge sur ventes à 20 % — parapharmacie33,0 % de 200 000 € de ventes66 000 €
Marge commerciale29,1 % de 1 800 000 € de ventes524 000 €
ROSP, rémunérations forfaitaires et missions36 000 €
Marge brute globale560 000 €
Masse salariale chargée44,6 % de la marge brute globale250 000 €

Exemple pédagogique : les montants et les taux de marge sont illustratifs, ne correspondent à aucun dossier réel et ne constituent pas des références de la profession. Seuls les taux de TVA sont légaux (CGI, art. 278, 278-0 bis, 278 quater et 281 octies, en 2026).

Photo d'illustration — Jeff Trierweiler / Unsplash

Le parcours d'un professionnel de santé

  1. Remplacement

    Régime d'imposition, rétrocessions, premières cotisations

  2. Installation

    Prévisionnel, financement, choix du cadre d'exercice

  3. Association

    SCM, collaboration, conventions entre associés

  4. Société d'exercice

    SEL, SPFPL, rémunération et dividendes

  5. Cession

    Plus-value, calendrier, départ à la retraite

Vos enjeux

Les enjeux comptables et fiscaux de l'officine

  1. Une marge qui ne se lit pas sur le chiffre d'affaires

    Médicaments remboursables, médicaments non remboursables, produits à 5,5 %, parapharmacie : chaque famille a son taux de TVA et son taux de marge. Une moyenne globale masque ce qui progresse et ce qui recule.

  2. Remises, génériques et groupement

    Les remises des fournisseurs sur les spécialités remboursables sont plafonnées, avec des plafonds propres aux génériques et aux biosimilaires. Sur facture, en fin d'année ou via le groupement : leur rattachement à l'exercice fait la marge affichée.

  3. Honoraires, ROSP et nouvelles missions

    Honoraires de dispensation, rémunérations sur objectifs versées l'année suivante, vaccination, entretiens, tests : ces recettes ne suivent pas le volume de boîtes. Elles se rattachent à leur exercice ; les soins, comme la vaccination, sont exonérés de TVA.

  4. Le stock, premier actif circulant de l'officine

    Inventaire de clôture, valorisation, périmés et rotation pèsent directement sur le résultat et la trésorerie. Le jour d'un rachat, le stock se paie à part, sur inventaire contradictoire, et doit être financé.

  5. Un rachat qui se rembourse par l'exploitation

    Le prix d'une officine se rembourse avec l'excédent dégagé par l'exploitation, pas avec le chiffre d'affaires. Apport personnel, durée d'emprunt, rémunération du titulaire et structure juridique se décident ensemble, avant la promesse.

Instruments dentaires en acier alignés sur une surface claire

Photo d'illustration — Ozkan Guner / Unsplash

Par l'expert-comptable

Marge, rachat, SPFPL, cession : ce que le titulaire doit savoir

Lire la marge d'une officine par taux de TVA, pas en moyenne

En 2026, quatre taux coexistent au comptoir : 2,10 % pour les médicaments remboursables, 10 % pour les autres médicaments, 5,5 % pour des produits listés par le code général des impôts — denrées alimentaires, protections hygiéniques féminines, appareillages pour personnes handicapées — et 20 % pour le reste, dont la parapharmacie. Votre logiciel de gestion officinale ventile déjà ventes et achats par taux : cette ventilation sert la déclaration de TVA, et aussi le calcul d'une marge par famille.

C'est cette lecture qui explique un résultat : une marge globale stable peut cacher un recul du remboursable compensé par la parapharmacie. S'y ajoutent les remises, à rattacher au bon exercice lorsqu'elles tombent en fin d'année ou transitent par le groupement, et les rémunérations conventionnelles versées l'année suivante. Le tableau de bord tient en quelques lignes : marge par taux, masse salariale rapportée à la marge, stock, trésorerie après échéances d'emprunt.

Racheter une officine : le fonds ou les titres de la SEL

Acheter le fonds, c'est acheter la clientèle, le droit au bail et le matériel, et reprendre le stock à part, sur inventaire ; l'acte supporte des droits d'enregistrement par tranches de prix. Acheter les titres d'une SEL, c'est reprendre la société avec son histoire, ses contrats et ses dettes, avec des droits proportionnels qui diffèrent selon qu'il s'agit d'actions ou de parts sociales. L'analyse des comptes du cédant et la garantie d'actif et de passif, rédigée avec votre avocat, deviennent alors centrales.

Le plan de financement additionne prix, droits et frais, stock et besoin en fonds de roulement, puis leur oppose l'apport et l'emprunt. La banque fixe elle-même l'apport personnel qu'elle exige et regarde la capacité de remboursement : l'excédent brut d'exploitation, retraité de la rémunération du titulaire, comparé aux annuités. Nous construisons ce prévisionnel à partir des derniers bilans du cédant, avec une hypothèse prudente sur la marge et la masse salariale.

SEL et SPFPL de pharmaciens : le levier et ses limites

Le schéma courant : une SPFPL emprunte pour acquérir les titres de la SEL qui exploite l'officine, et rembourse avec les dividendes reçus. Sous conditions de seuil et de durée de détention, le régime des sociétés mères les exonère d'impôt sur les sociétés, hors une quote-part de frais et charges. Avec 95 % au moins du capital détenu de façon continue, l'intégration fiscale impute les intérêts sur le résultat de l'officine, sauf réintégration lorsque les titres sont achetés à ceux qui contrôlent la holding.

Trois limites. Ce qui rembourse la dette ne vous est pas versé. Les dividendes remontés à la holding ne sont pas nécessairement à l'abri des cotisations du titulaire indépendant. Et la détention est encadrée : une seule officine par pharmacien ou société ; plus de la moitié du capital et des droits de vote de la SEL aux titulaires, directement ou par SPFPL ; au 21 septembre 2026, trois SEL au plus pour une SPFPL. Statuts et pacte se rédigent avec votre avocat.

Céder son officine : le régime de plus-value se prépare

Si vous exploitez en nom propre, la cession du fonds dégage une plus-value professionnelle. Plusieurs exonérations existent sous conditions, dont cinq ans d'activité ; pour une officine, deux retiennent surtout l'attention : l'une liée au départ à la retraite, qui porte sur l'impôt sur le revenu et laisse dus les prélèvements sociaux, l'autre fonction de la valeur des éléments transmis. Leurs conditions de délai et de cessation des fonctions imposent de fixer le calendrier bien avant la mise en vente.

Si vous cédez les titres de votre SEL, la plus-value relève du régime des particuliers ; le dirigeant qui part à la retraite peut bénéficier, sous conditions, d'un abattement fixe prorogé jusqu'en 2031 par la loi de finances pour 2025. Si les titres sont logés dans une SPFPL, c'est la holding qui vend : la fiscalité diffère et la question devient celle du réemploi du prix. Dans tous les cas, nous chiffrons le net vendeur avant que vous ne fixiez un prix.

L'accompagnement ADVY

Ce que le cabinet fait pour le pharmacien titulaire

Comptabilité et fiscalité de l'officine

Tenue, déclarations de TVA ventilées par taux, inventaire de clôture, comptes annuels et liasse fiscale, en BIC comme à l'impôt sur les sociétés.

Dossier de rachat ou d'association

Analyse des comptes du cédant, comparaison fonds ou titres, prévisionnel, plan de financement en nom propre, en SEL ou avec SPFPL, dossier bancaire.

Paie de l'équipe officinale

Bulletins, déclarations sociales et contrats des préparateurs, adjoints et apprentis, selon la convention collective nationale de la pharmacie d'officine.

Tableau de bord du titulaire

Marge par taux de TVA, masse salariale rapportée à la marge, stock, trésorerie après emprunt : un point régulier, sur place à Montpellier ou à distance.

  • Expert-comptable diplômé (D.E.C.)
  • Société inscrite au tableau de l'Ordre des experts-comptables
  • Un interlocuteur unique
  • Tenu au secret professionnel
  • À Montpellier et à distance

À Montpellier et partout en France

Le cabinet reçoit au 1350 avenue Albert Einstein, 34000 Montpellier, et travaille à distance avec des professionnels installés ailleurs en France : pièces collectées en ligne, rendez-vous en visioconférence.

Une question sur votre situation ? Parlons-en
Stéthoscope posé sur une surface blanche

Photo d'illustration — Markus Frieauff / Unsplash

Questions fréquentes

Questions fréquentes des pharmaciens d'officine

Une pharmacie relève-t-elle des BNC ou des BIC ?

Des BIC : la doctrine fiscale range expressément les bénéfices tirés de l'exploitation d'une officine dans les bénéfices industriels et commerciaux. En SEL soumise à l'impôt sur les sociétés, la société est imposée sur son résultat, le titulaire sur sa rémunération et ses dividendes ; la catégorie dont relève la rémunération d'un pharmacien associé de SEL s'examine au cas par cas. Dans les deux cas, la comptabilité est commerciale, avec stock et inventaire au moins une fois par an.

Quels sont les taux de TVA applicables en pharmacie ?

En 2026 : 2,10 % pour les médicaments remboursables par la sécurité sociale, 10 % pour les autres médicaments, 5,5 % pour les produits listés par le CGI — denrées alimentaires, protections hygiéniques féminines, appareillages pour personnes handicapées —, 20 % pour les autres ventes, parapharmacie comprise. Les soins réalisés par le pharmacien, comme la vaccination, sont exonérés. Le paramétrage du logiciel officinal doit refléter ces distinctions.

Faut-il racheter le fonds de commerce ou les titres de la SEL ?

Il n'y a pas de réponse générale. Le fonds se reprend sans le passé du vendeur, avec des droits d'enregistrement par tranches. Les titres emportent l'historique de la société : analyse approfondie des comptes, garantie de passif, droits proportionnels. Le choix dépend aussi de ce que le cédant accepte, de sa fiscalité et du financement ; nous chiffrons les deux hypothèses.

À quoi sert une SPFPL pour racheter une pharmacie ?

C'est une holding réservée aux professionnels. Elle emprunte pour acquérir les titres de la SEL et rembourse avec les dividendes reçus, faiblement imposés sous le régime des sociétés mères lorsque ses conditions sont remplies. L'intérêt dépend du prix et de la rentabilité de l'officine : ce qui rembourse la dette ne vous est pas versé, et les cotisations sociales ne disparaissent pas.

Combien de pharmacies un pharmacien peut-il détenir ?

Un pharmacien, comme une société, ne peut être propriétaire que d'une seule officine. Le code de la santé publique admet des participations dans d'autres SEL de pharmaciens d'officine : quatre au plus pour un titulaire en dehors de celle où il exerce, trois pour une SPFPL, en l'état des textes au 21 septembre 2026. Ces règles se vérifient avec l'Ordre avant tout projet.

Sources

Contenu publié sous la responsabilité d'ADVY PARTNERS, société d'expertise comptable. Mis à jour le 21 septembre 2026.

Information générale, à jour des règles en vigueur au 21 septembre 2026, ne constituant pas un conseil personnalisé. Toute décision suppose l'analyse de votre situation par un expert-comptable.

Pour aller plus loin

ADVY Santé

Parlons de votre projet

Un premier échange pour faire connaissance et poser votre situation. Réponse sous 24 heures ouvrées.

Fayssal Amghar, expert-comptable diplômé

Votre interlocuteurFayssal Amghar, expert-comptable diplômé

  1. Vous décrivez votre situation en quelques lignes.
  2. Nous vous recontactons sous 24 heures ouvrées pour convenir d'un échange, en visioconférence ou au cabinet.
  3. Si une mission se dessine, elle fait l'objet d'une lettre de mission préalable.
Appeler le cabinet · 07 43 64 85 47

Facultatif — pour un rappel plus rapide

ADVY PARTNERS traite ces informations pour répondre à votre demande et, le cas échéant, vous adresser une proposition (mesures précontractuelles). Elles sont conservées trois ans au plus. Vous disposez de droits d'accès, de rectification, d'effacement et d'opposition : fayssal.amghar@advypartners.fr. Merci de n'indiquer aucune donnée de santé ni information sur vos patients ou vos clients. Politique de confidentialité

ADVY Santé est une offre d'ADVY PARTNERS, SARL d'expertise comptable inscrite au tableau de l'Ordre des experts-comptables de la région Occitanie. Ce n'est pas une société distincte.

Échanger avec un expertAppeler